最先是使徒们设立了一个议会，从耶路撒冷指导初期教会的各种活动（徒6:2；8:14）。及至该城信徒团体日益扩大，以至实际琐务成为问题时，就选派了执事来管理教会的一切事务（徒6:2-4）。

    后来，会众不但在亚洲日见增加，连欧洲也一样，因此不得不在组织的事上，作更进一步的措施。我们从圣经的记载中，可以发现在小亚细亚，「在各教会中选立了长老。」（徒14:23）同时，因为圣工扩展遍及当时罗马的各行省，于是又有了各教会的联合组织，约等于今日的「区会」（Conference），这组织似乎包括了某一特别行省的众教会，如「加拉太的各教会」在内（加1:2）。早期教会，就是这样一步一步地组织起来的。既有了需要，上帝就领导负责圣工的领袖们，经过与会众商讨之后，就有了组织体制的形成，以便上帝的圣工扩展至各地时，其各项权益得以有所保障。

教会的行政体制

    通常认可的教会行政体制，大概可分四种。兹分述如下：

    一、监督制(Episcopal）——这种体制，是由监督负责管理，通常分为三级，即会督、司铎、与会吏。

    二、教皇制(Papal)——这种体制，教会的无上权威属于教皇。在教皇以下，设有红衣主教、大主教、及神父等分掌教职。至于当地教会或教友个人则无权参与教会行政。

    三、独立制(Independent）——这种体制，以当地教会的会众、为其管辖范围内的最高当局。此制通常系指公理会主义。

    四、代表制(Representative)——这种体制，承认教会的权力在于教友，至于管理教会的行政职责，乃交由选派的代表团体及职员负担。这种行政体制的教会，也承认全体受命担任圣职的人一律平等。基督复临安息日会所通行的教会行政体制，就是代表制。

本会组织采四级制

    基督复临安息日会，自信徒个人以至全球性的组织，其间计有四级：

    一、当地教会，由信徒组合而成。

    二、当地自养区会或区会，由一州、一省、或某一地区的各教会组合而成。

    三、联合会，由一比较广大地区的各自养区会或区会组合而成。

    四、全球总会，包括全世界的各联合会，是组织中的最大单位。分会乃全球总会的一部分，在指定的地区内负行政职务。

　　「每位教友在选举教会职员的事上都有发言权。当地教会可选举区会的职员。区会所选的代表，可选举联合会的职员。联合会所选的代表，可选举总会的职员。依照这样的安排，无论各联合会、各机构、或每一位信徒，都可以直接或经由代表，在决定担负全球总会主要职责的人选上，具有发言权。」（证言卷八原文236,237面）

教会的机构

  　本会在此四个阶层的组织下，管理着许多不同的机构。本会信徒从福音使命、以及主和祂使徒的榜样中，看出基督门徒的责任乃要服事全人类。因此，他们效法早期信徒的模式，发展教育、医疗、出版、和其它机构，从事普及全球的工作。

    本会基于其管理教会的神学和哲学观念，这些机构从创办起，便被视为教会不可分割的一部分，是实现其神圣使命的直接工具。因此本会利用其拥有的医院、出版社、和学校等，构成一大整体，以推行保健、文字、和教学布道等工作；因此它们在本会的全球传福音的工作上，是不可或缺也是不可分割的。

    本会全球教会的许多单位，无论是会众、区会、医院、出版社、学校、或其它机构，都从它们有着选派之代表的全球总会中，看出本身与总会在组织上是联结的。本会全球教会借着这些机构，奉基督的名，对外推展各项圣工，以应付这狂乱世界的需要。

全球总会乃最高行政当局

    在代表大会举行中的全球总会、及其休会期间的执行委员会，乃是本会普世圣工的最高行政机构；根据规章，它也有权设置其属下的机构，以推进世界各地区的特殊事工；因此，本会遍设于全球的各种组织与机构，均一致公认全球总会乃是上帝领导下的本会最高当局。一旦各组织或机构内部、或相互间发生歧见，则应诉诸于上级组织，直至全总代表大会、或其执行委员会之年议会中，作最后裁决。在上述大会及年议会休会期间，执行委员会应作为各项可能发生之歧见问题的最后裁决机构；其所作之决议，得交全总代表大会、或执行委员会年议会中予以复核。

　　「我屡蒙主指示：无论何人的见解，都不应屈服于任何其它一人的见解之下。决不可将一个人或少数人的意见，视为具有充分的智慧和权力，足以管理工作，决定应行的计划。但是在全球总会会议的时候，从各地来出席之弟兄们的意见一经议定，则自恃的心理和个人的见解便应放弃，决不可固执坚持。任何工作人员，决不可以为刚愎地坚持自己的立场，反对大众的决议，乃是一种美德。

    「过去曾有少数人，受托综理圣工，却利用全球总会的名义，企图行使不智的计划，阻碍上帝的工作。那时我曾说过：我不再将这几个人所代表的全球总会的主张，视为上帝的声音。但这并不是说：各地正式选派代表出席的全总会议所作的决定，是不必尊重的。上帝已命定：从世界各处教会选派出来，参加全总会议的代表，是具有权力的。不过有些人很容易犯的罪，便是将上帝所赋予教会、为谋取祂工作之兴旺与进展而召集的全总会议中、所有的决议和发言权、都转授给一个人，或少数人的意念和见解来操纵。

    「上帝赋予教会的这种权柄，一旦全部落在一个人的手中，以致他有权可判断别人的思想，这样圣经的制度就被改变了。撒但在这种人的心意中所作的努力，必是最狡猾，有时甚至是不可抗拒的；因为仇敌企图通过他一人的思想来影响很多人。但愿我们将那易于交给一个人、或少数人的权力，交给教会的最高组织。」（证言卷九原文260,261面）