怀爱伦不断地呼吁分权“要设立新的区会...主以色列的上帝会把我们联合在一起，组建新的区会不会使我们分开，而会把我们联系在一起。”(190l全球总会公报69号)
　　1901年会议实 了六项重大改革：
1. 组织联合会
2. 把各机构的所有权和管理权移交给当地教会
3. 设立总会各部，如安息日学部、教育部、出版部
4. 由各地代表充实到各委员会中
5. 教会具体工作由当地人士负责
6. 建立代表制的全球总会委员会
　　经过1901年的改组，总会委员会由25位成员组成。其中有北美六个联合会的会长，欧洲和澳洲各一位会长，以及各部主席——当时叫书记，后来称主任，该委员会代表世界各地的教会，从而拥有更大的权威。委员会主席每年从职员中选举产生。
　　亚瑟 G.但以理成为第一任会长。他当会长一直到1922年。但以理牧师的贡献不仅是服务期较长。1902年，他监督教会总部从伯特克里迁到华盛顿。他具体实施从1901年开始的改组工作。他到过许多地方，认为要领导教会，就需要获得传道园地的第一手资料。在他的任期内，派往国外的传道士大大增加。他还领导组建传道协会，创办『传道者』杂志。他的两本代表作：『基督我们的义』、『常在的预言恩赐』论述了怀爱论的工作和人生。
　　分会的建立标志着基督复临安息日会组织的进一步发展。原先世界各地的传道工作由总会副会长负责监督。19l3年批准了建立欧洲分会的章程和细则，后来又建立了其它分会。到了1922年全球总会执委会确定了现在的分会模式。
I．与凯洛格的冲突
　　基督复临安息日会在二十世纪头十年特别困难。怀爱伦再告诫不要将机构集中于伯特克里。有人认为1902年疗养院和出版社遭遇火灾是忽视怀爱伦劝戒的结果。这场火灾促使教会总部和『评论和通讯』迁往华盛顿。比大火更为严峻的是教会领袖与约翰 H.凯洛格的冲突。
　　约翰哈维凯洛格既是能干的内科医师，又是著名的外科医生，他写过五十多本书，主要是医学方面的。他从1876年起负责伯特克里疗养院直到1943年去世止。他热心支持卫生改革，倡导水疗法，健身和素食。他是发明家，发明了理疗器械，合成早期的肉类代用品,配制出最早的玉米片，后来由他的兄弟W.K.克洛格投资生产。从1895年到1910年，他负责芝加哥的美国医疗布道学院。他在芝加哥的医疗布道机构包括一个提供廉价食宿的工人之家，一个末婚或穷困母亲之家，几个诊所，被释放囚犯的职业介绍所，邮购商店。
　　1894年，伯特克里的人员在墨西哥开办了瓜达拉哈拉诊所，这是复临信徒在国最早开设的医疗机构，后来发展为一所传道学校和疗养院。该机构和设立在伯特克里以及芝加哥的机构均属于凯洛格的国际医疗布道和慈善协会，而不属于基督复临安息日会。
　　凯洛格不听从教会领袖的意见，独立行事，怀爱伦多次劝他服从领导。伯特克里疗养院被火烧毁以后，教会领袖劝他只造一幢楼，不超过五层，高度不超过450英呎，他却擅自不按决议造了一所大得多，豪华得多的大楼，他于1903年写了『生命的殿』一书，含有泛神论的观点，当怀爱伦责备他的非正统见解时，他就离开教会，带走了属于他的国际医疗布道和慈善协会的各个机构。